А в чём проблема добавить новый счёт?
Организация -> Моя организация -> Банковские счета -> +
Забиваете реквизиты нового счёта и работаете, в банковских операциях буду светиться два счёта, можете выбирать по одному или сразу оба. Я до нового года был в Авангарде, с нового открыл в сбере...